PrimerPlex官方版是一款設(shè)計(jì)非常專業(yè)的多重PCR引物設(shè)計(jì)軟件，PrimerPlex官方版擁有直觀的操作界面，其軟件主要用于基因表達(dá)分析、PCR引物設(shè)計(jì)、SNP檢測和高吞吐量基因分析、綜合檢測等，非常的簡單實(shí)用。

功能介紹

      1、多重SNP檢測和高吞吐量基因分型

      使用PrimerPlex，您可以設(shè)計(jì)在SNP側(cè)翼的多重PCR引物，3'末端具有SNP的ASPE引物，并在其中心捕獲具有SNP的探針。 PrimerPlex可以通過為每個基因組序列設(shè)計(jì)寡核苷酸來檢測中等大小的基因組序列的所有突變。檢查這些引物和探針的多重性，并顯示最佳可能的集合。

      2、多重PCR引物設(shè)計(jì)

      設(shè)計(jì)適用于多重測定的引物組可能是一項(xiàng)具有挑戰(zhàn)性的任務(wù)。 PrimerPlex使用創(chuàng)新和專有的算法來設(shè)計(jì)最佳多路復(fù)用引物組，從而最大限度地減少Tm失配。分析所有組的交叉反應(yīng)性，以確保特異性和有效的擴(kuò)增。您可以從以不同排序順序呈現(xiàn)的替代品列表中選擇最適合您實(shí)驗(yàn)需要的套件。使用PrimerPlex，您可以靈活地將引物設(shè)計(jì)成3'端，5'端，距離這些末端或序列內(nèi)任何地方都有特定的距離。

      對于SNP基因分型測定，該程序設(shè)計(jì)側(cè)翼突變的引物，如SNP，DIP(缺失/插入多態(tài)性)和MNP(多核苷酸多態(tài)性)。

      3、綜合檢測支持

      使用PrimerPlex，設(shè)計(jì)寡核苷酸用于多重PCR，ASPE和直接雜交測定。寡核苷酸被篩選為交叉反應(yīng)性，以確保高信號強(qiáng)度，使Tm失配最小化。寡核苷酸被篩選為二聚體，運(yùn)行和重復(fù)。

      4、下一代測序法

      使用PrimePlex，設(shè)計(jì)用于預(yù)先測序樣品制備和突變檢測的多重寡核苷酸，如SNP，DIP(缺失/插入多態(tài)性)和MNP(多核苷酸多態(tài)性)與點(diǎn)擊幾個按鈕一樣簡單。

      5、引物特異性

      程序BLAST在單次搜索運(yùn)行中搜索多個序列。結(jié)果自動解釋，并且在引物設(shè)計(jì)期間避免了識別的同源性，確保設(shè)計(jì)具有高度的特異性。

      6、評估預(yù)先設(shè)計(jì)的引物和探針

      PrimerPlex可以使用預(yù)先設(shè)計(jì)良好的寡核苷酸來構(gòu)建多重集合。在為每個序列指定寡核苷酸后，分析其屬性，并向用戶發(fā)出所發(fā)現(xiàn)的任何偏差。對于預(yù)先設(shè)計(jì)的寡核苷酸不可用的序列，PrimerPlex設(shè)計(jì)它們，檢查它們的多重性，并突出顯示兼容性問題(如果有的話)。然后，用戶可以決定接受設(shè)計(jì)或創(chuàng)建單獨(dú)的池。該功能可以完全控制用戶手中。

      7、添加MagPlex標(biāo)簽

      該程序現(xiàn)在還支持MagPlex TAG數(shù)據(jù)庫以及MicroPlex xTAG(以前稱為FlexMAP TAG)，用于在每個ASPE引物上自動添加適當(dāng)?shù)臉?biāo)簽。標(biāo)簽被選擇為使得它們最小化二聚化，并且不折疊在它們所連接的寡核苷酸上。此外，用戶可以覆蓋程序的建議，并自行選擇一個標(biāo)簽。如果標(biāo)簽不是唯一的，或者選擇的標(biāo)簽與oligo不兼容，PrimerPlex會提醒用戶。